Terdapat dua kaedah pensterilan bagi alat perubatan yang digunakan dalam pembedahan iaitu pensterilan suhu tinggi dan pensterilan suhu rendah.
1. Kaedah pensterilan suhu tinggi adalah menggunakan haba tinggi untuk menyahtukarkan protein mikrob untuk mencapai tujuan membunuh bakteria. Ia adalah yang paling banyak digunakan secara klinikal, dan pensterilan stim tekanan biasanya digunakan, yang sesuai untuk instrumen dan artikel yang boleh menahan kelembapan dan haba yang tinggi. Terdapat juga pensterilan wap kilat, yang boleh digunakan untuk instrumen dan barang kosong.
Kedua, pensterilan suhu rendah, selalunya menggunakan pensterilan etilena oksida. Aplikasi yang paling klinikal, kelebihannya ialah ia tidak merosakkan barang yang disterilkan, mempunyai kuasa penembusan yang kuat, dan mempunyai kesan yang baik untuk membunuh mikroorganisma. Pensterilan wap formaldehid suhu rendah boleh digunakan untuk peranti perubatan yang tidak dapat menahan suhu tinggi.
